W biokominkach stosuje się zamiast drewna czy węgla specjalne, ekologiczne biopaliwo. Biopaliwem tym jest ciecz składająca się przede wszystkim z etanolu oraz kilku innych dopuszczonych do użycia alkoholi i substancji pomocniczych. Większość z nich wymagana jest przez prawo aby uniemożliwić konsumpcję.

Ponieważ biopaliwo będzie spalane w pomieszczeniach, należy zwrócić uwagę przede wszystkim na jego czystość. Wszystkie produkty spalania pozostaną mianowicie w pomieszczeniu i nie mogą być trujące. Podczas spalania dobrych biopaliw powstaje jedynie dwutlenek węgla i para wodna. Należy także pamiętać, że czystość biopaliwa to nie jego stężenie. Płyn zawierający 99,5% etanolu także może się okazać śmierdzącym i trującym koszmarem, bo alkohol nie został rektyfikowany czyli oczyszczony, a jedynie odwodniony.

Generalnie można powiedzieć, że im mniej różnych substancji zawiera biopaliwo tym lepiej. Wszystkie „specjalnie skomponowane mieszanki” są potencjalnie niebezpieczne. Najlepiej używać produktów o nienagannej, wieloletniej reputacji zawierających czysty bioetanol skażony jedynie tak, jak jest to wymagane przez prawo. Wyjdzie nam to na dobre.