Jeżeli chodzi o czyszczenie samego paleniska biokominka, to wszystko zależy od modelu, jaki posiadamy. Ich konstrukcje są bowiem różne. Duża część z nich ma prostą, nieskomplikowaną budowę. Palenisko stanowi stalowa skrzynka, którą bez problemu możemy dokładnie wyczyścić w wodzie. Niektóre modele mogą mieć jednak paleniska o bardziej zaawansowanej budowie w połączeniu z materiałami chłonącymi paliwo. Takich modeli nie powinniśmy w żadnym wypadku zanurzać w wodzie. Chyba, że materiały, których zamoczenie jest niewskazane są łatwo wymienialne.

Czyszczenie samego paleniska generalnie jest zalecane, kiedy z biokominka wydobywa się nieprzyjemny zapach. Oznacza to, że używaliśmy paliwa złej jakości i w naszym palenisku znajdują się pozostałości spalania, które nie dopaliły się do końca i wydzielają niekorzystne zapachy. W takim wypadku powinniśmy dokładnie przypatrzeć się konstrukcji paleniska naszego biokominka, rozebrać go na czynniki pierwsze, dokładnie wyczyścić i złożyć już czysty w jedną całość. Kiedy nie zaobserwujemy wydzielania się nieprzyjemnych zapachów, nie ma potrzeby dogłębnego czyszczenia konstrukcji paleniska.

W związku z powyższym powinniśmy stosować paliwo najwyższej jakości, bezwonne oraz niewydzielające żadnych substancji szkodliwych dla zdrowia. Najlepiej, jeżeli paliwo które wybieramy ma akredytację Narodowego Instytutu Zdrowia Publicznego (Państwowego Zakładu Higieny).